prikaz prve stranice dokumenta Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja
  Download
PDF 905.36 KB
undergraduate thesis
Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja
Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine, 2018. urn:nbn:hr:152:466901
Žebčević, Dario
Josip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek

Cite this document

Žebčević, D. (2018). Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja (Undergraduate thesis). Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:466901

Žebčević, Dario. "Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja." Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:466901

Žebčević, Dario. "Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja." Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:466901

Žebčević, D. (2018). 'Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja', Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, accessed 04 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:466901

Žebčević D. Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja [Undergraduate thesis]. Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek; 2018 [cited 2024 November 04] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:466901

D. Žebčević, "Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja", Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, Osijek, 2018. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:466901

Please login to the repository to save this object to your list.
Metadata
TitleProcjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja
Title (english)Efficiency evaluation of the classic organic and new commercial approach in DNA extraction from bone samples using Qubit fluorometer and qPCR
AuthorDario Žebčević
MentorStana Tokić (mentor)
Committee memberKatarina Mišković Špoljarić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberTeuta Opačak-Bernardi (član povjerenstva)
Committee memberStana Tokić (član povjerenstva)
GranterJosip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek
Osijek
Defense date and country2018-09-28, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Basic Medical Sciences
Medical Biochemistry
Abstract
UVOD: DNA u kosti nalazimo unutar stanica osteoblasta, osteocita i osteoklasta. Tijekom resorpcije kosti i stanične apoptoze, DNA dospijeva u izvanstanični matriks i veže molekule kolagena i hidroksiapatita. Za uspješnu izolaciju DNA iz kosti potrebno je primijeniti metode i reagense koji će osigurati specifično izdvajanje malih količina DNA materijala iz smjese drugih bioloških molekula, ostataka soli i organskih otapala. U tu svrhu ispitivana je učinkovitost klasične organske metode te QIAamp DNA Blood Mini i PrepFiler BTA Forensic Extraction komercijalnih kompleta. CILJ: Odrediti djelotvornost ispitivanih metoda za izolaciju DNA iz koštanog praha mjerenjem količine i kvalitete DNA na Qubit fluorometru i qPCR uređaju. MATERIJAL I METODE: Za istraživanje su upotrijebljeni poolirani uzorci koštanog praha. Izolacija DNA provedena je primjenom klasične organske fenol/kloroform metode te QIAamp DNA Blood Mini i PrepFiler Forensic DNA Extraction komercijalnih kompleta. Koncentracija DNA izmjerena je na Qubit fluorometru i qPCR uređaju pomoću Qubit High Sensitivity DNA i QuantiFiler Human Quantification DNA setova. REZULTATI: Najveći prinos DNA primijećen je u uzorcima izoliranima PrepFiler BTA komercijalnim kompletom. Slijedi ga QIAamp DNA Blood Mini komplet s nešto manjim koncentracijama DNA, a najmanje koncentracije DNA dobivene su klasičnom organskom metodom. Graf Linova koeficijenta konkordancije pokazuje jako mali stupanj korelacije i podudarnosti između mjerenja na Qubit fluorometru i Quant Studio 5 qPCR uređaju. ZAKLJUČAK: U usporedbi s klasičnom organskom metodom, silika kolone i selektivne magnetske čestice osiguravaju veću količinu i kvalitetu DNA materijala iz uzoraka kosti.
Abstract (english)
INTRODUCTION: DNA in the bone is found in osteoblasts, osteocytes and osteoclasts. During bone resorption and cell apoptosis, DNA ends up in the extracellular matrix and binds to the molecules of collagen and hidroxyapatite. For a successful isolation of DNA from the bones, highly efficient methods and reagents should be employed to ensure the specific extraction of small amounts of DNA material, free from other biological molecules, residues of salts and organic solvents. For this purpose, we investigated the efficiency of the classic organic method, QIAamp DNA Blood Mini kit and PrepFiler BTA Forensic Extraction kit. GOAL: To determine the efficiency of the investigated methods for DNA isolation from bone powder, by measuring the amount and quality of DNA on the Qubit fluorometer and qPCR. MATERIALS AND METHODS: Pooled samples of bone powder were used for this study. DNA isolation was done using classical organic phenol / chloroform method, QIAamp DNA Blood Mini and PrepFiler Forensic DNA Extraction commercial sets. The concentration of DNA was measured on Qubit fluorometer and qPCR using Qubit High Sensitivity DNA and QuantiFiler Human Quantification DNA Kit. RESULTS: The highest DNA yield was found in samples isolated with PrepFiler BTA commercial kit. The QIAamp DNA Blood Mini Kit follows with slightly lower DNA concentrations, and the lowest DNA concentrations were obtained by classical organic method. Graph of Lin's concordance coefficient shows a very small correlation and correlation between Qubit fluorometer and Quant Studio 5 qPCR. CONCLUSION: Compared to the classical organic method, silica columns and selective magnetic particles provide greater quantity and quality of DNA material from bone samples.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:152:466901
Study programmeTitle: University undergraduate study
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/ baccalaurea) medicinske laboratorijske dijagnostike (sveučilišni prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/ baccalaurea) medicinske laboratorijske dijagnostike)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
RepositoryRepository of the Faculty of Medicine Osijek
Created on2019-01-07 10:44:04